Etnobotanik har vissa nackdelar:
- Ofullständig eller felaktig information: munna traditioner kan bli förvrängda eller förlorade över tid.
- Kulturell känslighet och utnyttjande: forskning kan ske utan korrekt samhällssamtycke eller delning av nytta.
- Begränsat omfång: fynd från specifika samhällen kan inte generaliseras till andra regioner.
- Bevarandeutmaningar: ansvarslösa metoder kan leda till överutnyttjande av växter.
- Etiska överväganden: frågor om informerat samtycke, immateriella rättigheter och delning av nytta måste hanteras noggrant.
Trots dessa utmaningar förblir etnobotanik värdefull när den närmas etiskt och respektfullt.