Sällskapsdjur
Panama är, enligt Conservation International, en del av Mesoamerikanska biodiversitets-hetspunkten som sträcker sig hela vägen genom tropiska Centralamerika från Mexiko. Dess La Amistad International Park och Biosfärreservat, delat med Costa Rica, är det största oberoörda molnskogsområdet i Centralamerika. Conservation International uppskattar att 75% av de migratoriska fåglarna i västra halvklotet samlas i parken. En nyligen studie av Smithsonian Tropical Research Institute's Center for Tropical Forest Science fann att Panamas skogar är mer artsrika än Amazoniens. Panama är hem för hotade arter såsom jaguar och Baird's tapir samt många andra mindre kända varelser.
Den panamanska gyllene grodan (Atelopus zeteki) anses nu vara utrotad i vildmarken efter att de sista kända grodorna togs in i fångenskap för att skydda dem från en dödlig svamp. Infödd i bergstropiska skogar i västra centrala Panama på höjder mellan 335 och 1 310 meter, fann den i bergsbäcken. Den panamanska gyllene grodan kvakar inte men vinkar med handen för att signalera till andra grodor. Det är Panamas nationaldjur.
Den prydda spindelapan (Ateles geoffroyi ornatus) är en hotad underart av Geoffroys spindelapa som bara finns i Panama och Costa Rica. Det tros finnas omkring 30 apor kvar i vildmarken levande i primär regnskog nära Stilla havets kyst. Underarten hotas av olaglig jakt samt av avskogning och störning av sitt habitat.
Harpyörnen (Harpia harpyja) är den största örnen i Nya Världen och finns i Syd- och Centralamerika samt Panama. Harpyörnar lever i oberoörd skog och äter senapor, apor och fåglar. Arten är Panamas nationalfågel men anses hotad av utrotning av Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES). Det tros finnas över 200 häckpar i Panama även om habitatförstöring och olaglig jakt fortsätter att hota harpyörnen.
5 arter av sjösköldpaddor besöker Panamas vatten och det finns viktiga häckningsplatser för den starkt hotade läderryggssköldpaddan (Dermochelys coriacea) på dess karibiska kust vid Bocas del Toro. Läderryggssköldpaddor vänder sig långt i oceanerna men återvänder alltid till samma plats för att häcka. De hotas av äggsamlning samt av att fastna i fiskeliner och nät. Sea Turtle Conservancy uppskattar att det finns omkring 35 860 häckande honor kvar i världen, varav upp till 14 005 kommer för att häcka på panamanska stränder.