Kentucky är hem för minst 17 dokumenterade flaggermusarter, inklusive:
- Östlig röd flaggermus (Lasiurus borealis) – rödbrun, vanlig i hela delstaten
- Grå flaggermus (Lasiurus cinereus) – Kentuckys största flaggermus, med blekt brunt eller grått päls
- Silverhårig flaggermus (Lasionycteris noctivagans) – mörk päls med silverkanten, funnen i skogsmarker
- Östlig dvärgflaggermus (Perimyotis subflavus) – en av de minsta flaggermusen i Kentucky
- Stor brun flaggermus (Eptesicus fuscus) – vanlig i hela delstaten
- Liten brun flaggermus (Myotis lucifugus) – en av de mest förekommande arterna
- Nordlig långörad flaggermus (Myotis septentrionalis) – funnen i skogsområden, med långa öron
Andra möjliga arter inkluderar Rafinesques storörade flaggermus, kvällsflaggermus, Seminole flaggermus och tri-färgad flaggermus.
