Sällskapsdjur
Avelsäsongen för fruktfladdermöss varierar beroende på arten och den geografiska platsen. I Indien har till exempel den indiska flygande räven (Pteropus giganteus) en avelsäsong från mars till maj, medan den större kortnosade fruktfladdermus (Cynopterus Sphinx) från augusti till november.
I allmänhet uppvisar fruktfladdermöss polygyny, där män parar sig med flera kvinnor. Kvinnor föder en enda valp efter en graviditetsperiod som vanligtvis varar flera månader. Valpar är födda med stängda ögon och är beroende av sin mamma för mat och vård. De lär sig att flyga och foder på egen hand inom några månader och nå sexuell mognad vid ungefär ett års ålder.
Vissa fruktfladdermusarter, såsom halmfärgad fruktfladdermus (Eidolon Helvum), uppvisar synkroniserad avel, där ett stort antal individer föder samtidigt. Detta tros vara en anpassning för att minska risken för predation på gravida kvinnor och unga valpar.