Kejserfiskar finns i tropiska och subtropiska vatten, beroende på art.
Koralrev och stenrev
Sjögräsbäddar
Olika djup från grunda till djupare vatten
Specifika regioner inkluderar Karibien, Indopacifika och Röda havet. Arter som drottning kejserfisk, kejserfisk och arabisk kejserfisk finns i dessa områden.