Kojoter är topprovdjur med få naturliga fiender, men vissa djur prédar på dem:
- Större hunddjur: Vargar, särskilt där utbredningsområden överlappar
- Björnar: Svarta och grizzlybjörnar
- Pumar: Tillräckligt starka för att ta ner vuxna kojoter
- Människor: Genom jakt, fångst och trafiktrafikolyckor
- Andra kojoter: Intraspecifik predation vid matbrist eller territoriell konkurrens
Specifika rovjaktare varierar beroende på plats och miljöfaktorer.