Dunkleosteus dog ut för cirka 358,9 miljoner år sedan. Möjliga förklaringar inkluderar:
- Förändrat klimat: sen devoniska istider förändrade havsnivåer och marina miljöer.
- Konkurrens: ökande antal hajar och bena fiskar pressade födokällor.
- Överfiske: andra rovdjur kan ha predat på Dunkleosteus eller konkurrerat om byta.
- Sjukdom: hälsoutmaningar kan ha bidragit, även om bevis är begränsade.
- Kombination av faktorer: en blandning av miljö- och biologiska tryck orsakade sannolikt dess utrotning.