Flera faktorer kan begränsa synligheten av cellstrukturer vid mikroskopi:
- Upplösningsbegränsningar: Vissa strukturer är för små för att kunna avskiljas.
- Provpreparation: Fixering, färgning och skivning kan införa artefakter eller förändra strukturer.
- Färgningstekniker: Ofärgade eller svagt färgade komponenter kan vara osynliga.
- Avbildningsbegränsningar: Belysning, kontrast och skärpa påverkar bildkvaliteten.
- Skärpdjup: Strukturer utanför det fokuserade planet verklar suddiga.
- Provets tjocklek: Överliggande lager kan dölja djupare strukturer.
- Membranpermeabilitet: Vissa kompartment begränsar färgämnens inträde.
- Cellulär dynamik: Tillfälliga komponenter är svåra att fånga vid en specifik tidpunkt.
Avancerade tekniker som konfokalmikroskopi, superupplösning och elektronmikroskopi har förbättrat förmågan att observera små cellkomponenter.