Sällskapsdjur
Den lugna, färgrika miljön i ett saltvattensakvarium förvandlas till ett slagfält när skadedjur invaderar. De flesta av dessa skadedjur infiltrerar tanken via kontaminerade stenar eller infekterade fiskar. Utan rätt vård kan en dyr akvariumuppställning bli en fiskgrav. Med lite kunskap kan dock saltvattensakvariumägare avvärja några av de mest vanliga skadedjuren.
Plattmaskar attackerar flera sorter koraller som vanligtvis används i saltvattensakvarier. Två typer av akvarium-plattmaskar har blivit vanliga i USA. Den vanligaste, den rostbruna plattmasken, äter upp de symbiotiska mikroorganismerna som lever inuti korallen. Rostbruna plattmaskar kan multiplicera tillräckligt för att täcka korallen och blockera väsentligt ljus från att nå korallen. Acropora-ätande plattmaskar, en annan vanlig plattmask i USA, konsumerar koraller av släktet Acropora. Den Acropora-ätande plattmaskens opaka färg kan göra den svår att lokalisera i ett akvarium. Låga nitratnivåer förhindrar plattmask-infestationer.
Den vanliga "bubbelalgen" inkluderar flera arter alger som infesterar saltvattensakvarier. Namnet kommer från de bubbla-liknande strukturerna alger skapar. Bubblarna inkuberar sporer som så småningom sprider sig till andra delar av akvariet. Höga nitratnivåer i vattnet hjälper alger att få fotfäste och föröka sig. Därför förhindrar låga nitratnivåer tillväxten av bubbelalg. Fysisk borttagning av algen i dess tidiga stadier fungerar också.
Medan flera arter anemoner gör bra tillägg till ett akvarium, gör en art det inte. Den invasiva aiptasia anemonen fäster sig på stenar, koraller och glas. Hotas den, lossnar den från föremålet och simmar till säkerhet. Aiptasia anemoner förökar sig asextuellt och växer nya anemoner från avskurna delar. Arten använder bränncell för försvar, likt maneter. Anemonens överlevnadstaktiker kan göra fysisk borttagning svår. Vissa akvariumägare lägger till naturliga rov djur, som pepparmyntsräkor och berghia, för att eliminera aiptasia-infestationer.
Även om de ofta kallas "blågröna alger", liknar cyanobakterier alger endast i form. Cyanobakterier koagulerar till bladlika kolonier inom ett akvarium. Vissa stammar av cyanobakterier utgör inget hot, medan vissa stammar frigör neurotoxiner och andra gifter i vattnet. En stor infestation av giftiga cyanobakterier dödar snabbt alla växter och fiskar i akvariet. Antibiotika fungerar bra mot cyanobakterier men kan öka risken för att skapa en antibiotikaresistent stam av bakterien.