Flyggfiskar står inför talrika rovfiskar både i luften och i vattnet:
- Fåglar: Måsar och fregatfåglar äter flyggfiskar som hoppar ur vattnet.
- Delfiner och tumlare: Dessa däggdjur jagar flyggfiskar nära ytan.
- Tonfisk och svärdfisk: Rovfiskar som äter flyggfiskar längs havsytan.
- Haajar: Makohaajar och blåhaajar är kända för att jaga flyggfiskar.
- Marliner: Snabba simmare som använder sina långa snutar för att slå och fånga flyggfiskar.
- Andra större fiskar: Vissa tonfiskar och störare kan ibland äta flyggfiskar.
- Bläckfiskar: Vissa bläckfiskarter använder armar för att fånga flyggfiskar.
Olika flyggfiskarter kan ha olika rovfiskar baserat på deras specifika habitat och utbredning.