Marina miljöer: Amöbor och foraminiferer är rika i oceaner och bidrar till marin biodiversitet.
Sötvattensmiljöer: Amöbor och testata amöbor lever i dammar, sjöar, bäckar och andra inlandsvatten.
Fukta terrestriska miljöer: Nakna amöbor och slemmögel bor i fuktig jord, skogsgolv och ruttnande ved, där de bryter ner organiskt material och återvinner näringsämnen.