HMS Beagle hette inte efter beagle-hundrasen. Ursprunget till skeppets namn är inte helt klart, men flera förklaringar finns:
- Namnet kan härstamma från det föråldrade oldengelska ordet "beagle", som betecknade ett litet skepp eller skeppsbåt, använt redan på 1300-talet för lättbeväpnade spanings- och försörjningsfartyg.
- Det kan ha inspirerats av Beagle Channel, en smal vattenväg mellan Chile och Argentina, namngiven av brittiska upptäcktsresande på sent 1700-tal.
- Vissa historiker anser att namnet påverkades av Beagle Harbour i Australien, namngiven av brittiska utforskare 1838, strax innan HMS Beagle åkte sin kända resa.
