Präriehundar står inför flera hot som lett till beståndsminstning:
- Habitatförlust: Kolonier har minskat genom jordbruk, urban utbyggnad och markanvändningsförändringar.
- Bekämpningsmedel: Kemikalier för gnagarkontroll kan förgifta präriehundar.
- Sjukdomar: Sylvatic pest, tularemi och hundpest kan spridas genom kolonier.
- Jakt: Vissa områden tillåter jakt för sport eller skydd av boskap.
- Rovdjur: Kojoter, vargar, rävar och rovfåglar jagar präriehundar.
Flera präriehundsarter är listade som hotade eller utrotningshotade enligt Endangered Species Act. Bevarandearbete pågår för att skydda deras habitat och hantera hot.