Mississippi är hem för en mångsidig fauna, inklusive många arter inhemska i delstaten:
- Mississippi Gopher Groda — endemisk till Mississippi och federalt hotad
- Flatwoods Salamander — funna i tallskogar i Mississippi och Alabama
- Pine Woods Snake — funna i tallskogar i Mississippi och andra sydöstra stater
- Eastern Diamondback Rattlesnake — en av världens största skällormar
- Mississippi Glada — en medelstor hök med grått kropp och vit hals
- Red-cockaded Woodpecker — en liten svartvit hackspett med en röd fläck på huvudet
- Bachman's Sparrow — funna i öppna fält och tallskogar
- Eastern Bluebird — en liten blåfågel med ruströd bröst
- American Alligator — funna i sumpar, floder och sjöar
- Gulf Sturgeon — en stor, prehistorisk utseende fisk funna i Mexikanska viken och dess biflöden
Detta är bara några exempel på de många djur som är inhemska i Mississippi.